Черкашин Евгений Александрович, Шигаров Алексей Олегович, Христюк Василий Владимирович

Институт динамики систем и теории управления Сибирского отделения Российской Академии наук, Иркутский научный центр Сибирского отделения Российской Академии наук, Национальный исследовательский Иркутский государственный технический университет

Рассмотрена проблема построения исследовательской среды для обработки данных секвенирования нового поколения (NGS – Next Generation Sequencing). Среда включает облачное хранилище данных (DaaS) и вычислительные службы (SaaS и PaaS), а также службы визуализации и интеграции данных. Осуществляется интеграция технологий с открытым исходным кодом для поддержки MiSeq SOP (стандартная операционная процедура), которая позволяет специалистам в предметной области – биологам независимо от программистов самостоятельно обрабатывать данные. Для реализации интеграции конструируются формальные модели SOP, позволяющие автоматически порождать исходный код компонентов среды. Технология преобразования основана на принципах архитектуры, управляемой моделями (Model driven architecture), и логическом выводе структур производных моделей и модулей. Представлены текущие результаты и задачи на ближайшую перспективу.

секвенирование нового поколения, большие данные, архитектура, управляемая моделями, открытые связанные данные, планирование действий